Las tensiones estallan en el reino de los buhos cuando las fuerzas del mal declaran la guerra a los protectores del bien. Enfurecido por su enfrentamiento con Soren e impulsado por un deseo de poder que todo lo consume, Kludd y su grupo, los Puros, lanzan un ataque contra el Gran Arbol Ga'Hoole. Los nobles buhos que viven alli deben luchar ferozmente para proteger sus recursos y defender su honor.
Mientras tanto, Soren es llamado por los ancianos del gran arbol para liderar una mision de regreso al unico lugar que penso que nunca volveria a ver: la Academia San Aegolius para Buhos Huerfanos. El y su equipo tendran que entrar en San Aegolius como espias, y luego salir sin ser vistos una vez que su trabajo este hecho. Soren escapo una vez de los rocosos confines de San Aggie. Si quiere recuperar la paz, debera hacerlo de nuevo.